La struttura è a navata unica ed evoca lo stile architettonico del barocco umbro. La volta sopra l’altare è adornata con eleganti affreschi.

Già dall’ingresso, la vista della grande tela ad olio posta sulla parete dietro l’Altare Maggiore, evidenzia i caratteri francescani della Chiesa: “Madonna tra Angeli porge il Bambino ai Santi Francesco e Chiara” con in ombra, in contemplazione, Antonio da Padova e Maria Maddalena. L’opera (1678) è del pittore reatino Girolamo Troppa ed è resa più imponente dalla maestosa cornice in pasta di legno che la sostiene.

A sinistra dell’altare maggiore, realizzato negli anni 1997-1998, si nota il nuovo coro in legno, dove siedono le suore durante le celebrazioni, una grande grata in ferro segna la separazione della clausura dalla navata della Chiesa.

Prima della realizzazione del nuovo coro le suore assistevano alle celebrazioni sedute nel soppalco che si trova sopra la porta di ingresso della Chiesa.

Nello stesso periodo, oltre al coro fu realizzato l’attuale altare in marmo in sostituzione di quello seicentesco in legno per adeguare le funzioni alla nuova liturgia, come pure fu ripristinato il pavimento in marmo con quello attuale in cotto francescano.

Dietro l’altare, sotto al Tabernacolo, non visibile perché murata dietro un fondello, è collocata l’urna di Suor Maria Lanceata Morelli, morta in odore di Santità il 26 agosto 1762. Ancora dietro, non visibile dalla Chiesa, si trova il coro antico dove le suore si riuniscono per le loro preghiere.