Una tradizione, supportata da un’epigrafe oggi dispersa, spiega l’origine del nome di Avigliano legandola alle assegnazioni di terre fatte ai veterani da parte di Ottaviano nel I secolo a.C. In particolare le terre che oggi formano il territorio del borgo vennero offerte al centurione Avilo da cui si generò, nel tempo, il nome di Avigliano.
La prima attestazione certa dell’esistenza di Avigliano risale al 1074, anno in cui il vescovo Garolfo di Todi consacrò l’altare maggiore della Chiesa di Santa Maria in Foris, che doveva essere poco fuori il centro fortificato della città e che oggi è andata dispersa.
Nel 1112 è il conte Rapizzone degli Arnolfi a donare all’Abbazia di Farfa le tre chiese di: Sant’Ippolito, San Nicolò e Santa Secondina.
Gli anni successivi, come il resto del territorio dell’Umbria meridionale, vide Avigliano coinvolto nelle mire della potente Todi che, una volta conquistati i castelli, nel 1290 impose la formazione del suo territorio in 19 plebati. Il castello di Avigliano, insieme a quello di Montecastrilli, di Collesecco e altri 16 tra castelli e ville, furono assegnati a quello di San Vittorina i cui ruderi si trovano oggi a poca distanza da Dunarobba.
A metà del XIV secolo Avigliano fu distrutto dai soldati di John Hawkwood, capitano di ventura dello Stato Pontificio e solo nel 1429 si riuscirono a ricostruire le mura.
Tra i Chiaravalle, gli Atti e lo Stato Pontificio
Il XV secolo fu determinato dalle sanguinose lotte tra le due famiglie di Todi: gli Atti, guelfi e detentori del Castello di Collicello e i Chiaravalle, ghibellini e proprietari del Castello di Canale.
Dopo anni di battaglie che videro coinvolte la gran parte delle città dell’Umbria del sud, il 6 agosto del 1500 Altobello di Chiaravalle fu ucciso dalle truppe supportate da Papa Alessandro VI Borgia proprio all’interno delle mura di Acquasparta dove si era asserragliato.
Fu la discesa dei Lanzichenecchi nel 1527 a coinvolgere il territorio con l’ultima grande invasione e devastazione: dopo quell’evento, la dominazione pontificia, fece in modo che l’area non venne più interessata da sconvolgimenti, a parte quelli della dominazione napoleonica.